In der 2. Hälfte des 13. Jahrhunderts ist der Zentralort und mit ihm die Landschaft um den Knoten, der überragenden Westerwaldhöhe oberhalb des Fleckens, in das Licht der Geschichte gerückt.
Im Jahre 1279 wird Mengerskirchen erstmals in einer Urkunde des Chorherrenstifts St. Lubentius in Dietkirchen an der Lahn erwähnt. Es kann angenommen werden, dass im Zuge der Christianisierung des Westerwaldes die breite Talmulde östlich des Knotens bereits vor der ersten urkundlichen Erwähnung des Ortes von Menschen bewohnt war. Vermutlich war der heute leicht erhöht liegende Ortskern von Mengerskirchen schon lange ein befestigter Platz mit Hof und Kapelle. Darum herum siedelten sich mehr und mehr Menschen an, die Sicherheit suchend hierher angezogen wurden und teilweise andere Siedlungen verließen. Von besonderer Bedeutung für die Sicherheit der Bewohner dieser früheren Siedlungen am Knoten war die Wallburg "Rentmauer" über den Tälern des Faul- und Kallenbachs.

Sie dehnte sich auf weithin beherrschender Höhe über eine Fläche von etwa 4 ha nach Südosten hin aus. Von hier bestand Sichtverbindung zu den Wallburgen "Allmerskopf" und "Höhburg". Diese Wallburgen sicherten damals bereits eine wichtige Höhenstraße, die von Rennerod über den "Knoten" in Richtung Niedershausen-Lahn führte. Die Wallburgen bildeten eine Sicherungskette für das mittlere Lahntal bis hin zur Wetterau. Die "Rentmauer" am Knoten war der nördlichste Pfeiler. Vermutlich wurden die Wälle von Kelten begonnen und von den Germanen fortgeführt.

Für die Entwicklung von Mengerskirchen und seine wachsende Bedeutung als "zentraler Ort" am Knoten spielte die "Kalenberger Zent" eine entscheidende Rolle. Mit den Gerichten Nenderoth, Beilstein und Haimau (Löhnberg) gehörte Mengerskirchen zur Kalenberger Zent. Das zuständige Zentgericht tagte wahrscheinlich auf dem Kalenbergskopf, einem Höhenkamm zwischen Arborn, Nenderoth und Mengerskirchen. Dieser "Kopf" hat dem gesamten Gerichts- und Verwaltungsbezirk wohl den Namen gegeben.
An der Heiligkreuzkirche unweit des Galgenkopfes, einer alten Gerichts- und Kultstätte am "Knoten", dürfte früh die erste Kirche dieser Gegend gestanden haben, eng mit dem Ort Mengerskirchen verbunden. Von 1343 bis 1561 blieb Mengerskirchen mit dem Kalenberger Zent unter der Herrschaft der nassauisch-beilsteinischen Linie. Otto, der Sohn des ersten Herrn von Beilstein, vermachte 1331 seiner Gemahlin Adelheid von Vianden (Luxemburg) Mengerskirchen und Beilstein als Witwensitz. Die günstigere Lage von Mengerskirchen am Schnittpunkt von zwei alten Handelsstraßen (Hohe Straße und Rheinstraße von Köln und Herborn nach Limburg und Frankfurt) mag die Beilsteiner zu den Bemühungen veranlasst haben, dieses Städtchen am Knoten auszubauen und seine Bedeutung zu erhöhen, mehr als die ihres zentralen Sitzes Beilstein. Mengerskirchen war damals unter anderem beliebter Ausspann für die über den Westerwald vom Main zum Rhein ziehenden Fuhrleute und gleichzeitig auch wichtige Zollstätte für die von den Fuhrleuten beförderten Waren.

Das Mengerskirchener Schloss beherbergte in den nachfolgenden Jahrhunderten die Amtsverwaltung. Das Amt Mengerskirchen wurde mehrmals aufgehoben und zuletzt 1775 wieder eingeführt. Georg Gottfried Muzelius zog als Amtmann und oberster Beamter in das Mengerskirchener Schloss, wo er dieses Amt bis zum Jahre 1787 ausübte. Bis 1790 blieb das Amt unbesetzt und wurde von Hadamar aus verwaltet. Der letzte Verwaltungsbeamte der Regierung im Mengerskirchener Schloss, Amtmann Gail, trat 1816 in den Ruhestand. Damit wurde das Amt endgültig aufgelöst und mit dem Amt Weilburg vereinigt.

Mit der Neuordnung der Verwaltung in den ehemals nassauischen Landen schufen die Preußen 1867 den Oberlahnkreis, einen von 12 Kreisen im Regierungsbezirk Wiesbaden. Die Gebiets- und Verwaltungsreform im Bundesland Hessen führte 1974 zur Auflösung des Oberlahnkreises. Zahlreiche selbstständige Gemeinden wurden ebenfalls aufgelöst und aus Gründen der "Verwaltungsvereinfachung im Zeichen fortschreitender Rationalisierung und Technisierung" zu Großgemeinden zusammengefasst. Diese Neubildung von Groß- und Einheitsgemeinden vollzog sich meist unter großen "Geburtswehen". Am 1.1.1971 wurde Mengerskirchen Verwaltungszentrum der neuen Großgemeinde gleichen Namens mit den Ortsteilen Dillhausen, Probbach, Waldernbach und Winkels. In allen Ortsteilen vertritt ein Ortsbeirat mit dem Ortsvorsteher an der Spitze gegenüber der Großgemeinde die besonderen ortspezifischen Interessen.